O Colégio Franciscano Santo Inácio tem suas origens no segundo grupo das Irmãs Franciscanas de Ingolstadt – Alemanha, que vieram para o Brasil em 1939 e que chegaram à Baependi no dia 7 de setembro do mesmo ano. Faziam parte deste grupo de Fundadoras: Ir. Edigna Schindler, Ir. Adelgundis Siegelt, Ir. Iolenta Kraus, Ir. Tharsilla Geyer e Ir. Emanuela Unertl.
Iniciaram seus trabalhos oficialmente no dia 4 de outubro de 1939, na Santa Casa de Misericórdia, atual Colégio Estadual Nossa Senhora do Montserrat, e começaram o Colégio Santo Inácio em 1º de março de 1940.
O Colégio recebeu o nome de Santo Inácio em homenagem ao Pe. Inácio Kusch, pároco da cidade, que deu grande apoio às Irmãs, acolhendo-as em Baependi e ajudando-as na construção do Colégio.
Assim foram iniciadas as atividades, atendendo crianças e jovens de Baependi e cidades vizinhas.
O Colégio Franciscano Santo Inácio há mais de 83 anos vem construindo sua história, contribuindo com a formação educacional do povo de Baependi e das cidades vizinhas. Sua missão está fundamentada nos pilares de uma Educação Franciscana baseada em princípios cristãos, sob a inspiração de São Francisco de Assis.
Ao proporcionar uma educação de qualidade, traz seu diferencial não só na forma como conduz a aprendizagem dos estudantes – promovendo-lhes ocasiões em que possam tornar-se sujeitos de seu conhecimento, através de métodos ativos e ricos materiais de suporte – mas, sobretudo, pela sua filosofia.